此外，編譯好的腳本程序是經過壓縮和加密的，而且還可使用 FileInstall 函數來綁定（裝入）所需文件（同樣也會被壓縮和加密）到生成的程序中。當然，所有被 #include （包含）的文件都會被連接并編譯進目標文件中，這樣腳本（程序）在運行時就不再需要這些文件了。
Aut2Exe 的使用方法有以下三種：
方法 1 - 開始菜單（Start Menu）
此方法要求完整安裝AutoIt.
1. 打開開始菜單并選擇 AutoIt v3 程序組。
2. 點擊“Compile Script to .exe”。
3. Aut2Exe的主界面就出現在您的面前了。
4. 點擊瀏覽（Browse）按鈕來選擇要編譯的腳本文件(.au3)和程序的輸出位置(.exe)。
5. 如要修改目標程序的圖標則請點擊（第三個）瀏覽（Browse）按鈕并指定圖標文件（也可使用由AutoIt提供的一些示例圖標：默認位于Program Files\AutoIt3\Aut2Exe\Icons).
6. 如果不希望有任何人反編譯您的腳本程序（現已有反編譯工具）則請在下方輸入加密密碼。
7. 現在只剩下一個可能會需要調整的設置了，那就是編譯程序時的壓縮級別（在使用FileInstall裝入大量文件時特別有用）。打開壓縮級別（Compression）菜單即可進行設置。正如其它壓縮程序一樣，您選擇的壓縮級別越高則壓縮速度越慢。不過，無論您選擇哪一種壓縮級別（最終生成的.exe程序）在解壓（運行）的時候速度都是差不多的。
8. 點擊轉換（Convert）按鈕即可編譯腳本。
方法 2 - 右鍵菜單（Right Click）
此方法要求完整安裝AutoIt.
1. 在資源管理器中找到您要編譯的 .au3 腳本文件。
2. 在其上點擊右鍵。
3. 在出現的右鍵菜單上點擊“Compile Script”，則腳本文件即被編譯并在同一目錄下生成一個同名文件（當然，擴展名變成.exe）。
當您選擇使用這種編譯方式的時候，Aut2Exe 將使用當前的圖標和壓縮級別設置（也即上一次通過第一種方式編譯時的設置）。
方法 3 - 命令行（The Command Line）
Aut2Exe.exe 也可在命令行環境下運行，例如：
Aut2exe.exe /in infile.au3> [/out outfile.exe>] [/icon iconfile.ico>] [/nodecompile] [/comp 0-4] [/pass passphrase>]
長文件名應該用雙引號圍住，如 "C:\Program Files\Test\test.au3"。若沒有給定“out” 文件名則生成與腳本文件同名的程序（僅擴展名不同）。
『注：參數中的infile.au3>指的是要編譯的腳本文件位置（相對路徑或絕對路徑），outfile.exe>指的是編譯后的程序生成的位置，iconfile.ico>指的是圖標文件的位置，[/comp 0-4]指的是壓縮級別，passphrase>指的是加密密碼。』
技術細節
在腳本編譯和使用FileInstall函數裝入外部文件時所用的是我本人(Jon) 的壓縮算法。
因為一個編譯好的腳本程序必須能做到無需密碼（解壓）而又能夠得以解析并運行。也就是說壓縮是雙向的（即壓縮和解壓都是用同一種算法）。正因為如此，您應該把生成的程序純粹地視為編譯文件而不能認為（其中保存的信息）是完全安全的。舉個例子來說，如果我（為了桌面展示的目的）寫了一個需要含有用戶名和密碼的腳本，那么我可能會用工作站級別的用戶名/密碼而 不會 認為腳本程序已足夠安全而使用域或整個網絡的密碼，除非我非常確定不會有任何終端用戶可獲取該程序。
