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合作創新是指企業之間或企業與科研院所之間的聯合創新行為。合作創新通常以參與合作各方的共同利益為基礎，以資源共享和優勢互補為前提，具有明確的合作目標、合作期限和合作規則。合作各方在合作創新過程中共同投入、共同參與、共享成果、共擔風險。現代經濟中，合作創新主要存在于高新技術產業領域，通常以合作研究與開發(RAD)為基本形式。其重要性在于企業面臨技術創新資源的短缺和技術創新競爭性的增強，由于短缺和外部創新競爭環境的動態復雜化，使得企業創新機制面臨著諸如資源固化、信息、成本、人力資源、風險補償、技術壁壘、產業周期、技術轉換等方面的障礙·，合作創新則能夠在上述這些方面為企業創造一種相對寬松的環境與平臺。隨著產業技術化和技術產業化進程的日益加快，合作創新所顯示出來的技術與經濟效率是顯而易見的。從合作創新的實踐機制分析，當代合作創新大體可劃分為下列基本類型。
(1)政府主導參與的合作創新(簡稱GCS)。在這一機制中，政府不僅是創新目標的制定者，而且也是創新過程的主導者、創新資源的主要投入者和創新成果的所有者。其基本特點：一是政府成為合作創新全部過程的主導力量，合作創新戰略、創新機制建構、路徑選擇、創新激勵、創新關系機制建立、參與對象選擇、創新內容確定等全部由政府制定；二是政府投入主要的創新資源；三是政府主導創新技術成果的轉讓與擴散機制、擴散路徑。一般而言，政府主導參與的合作創新能夠形成較為顯著的“內部化效應”、“溝通效應”、“學習效應”，有利于實現資源共享、互補、敏捷和擴散功能。
(2)政府誘導企業自主合作創新(簡稱ECS)。在這一機制中，政府成為外在的創新推動者，政府通過自己的行為將其戰略意圖灌輸給企業，并能夠在一定意義上對創新過程施加某種程度上的影響。而企業成為整個創新過程的主導性力量，企業在秉承政府創新戰略的基礎上，依據企業運營的內在基礎和所面臨的外部競爭環境特點，制定具有效率的創新戰略，并在這一戰略的指導下，建構具體的創新機制與策略路徑。
(3)政府倡導企業自由合作創新(簡稱FCS)。在這一機制中，政府成為整個創新過程的旁觀者，但具有監督、指導和在某些條件下的干預職能。這種形式的合作創新建立在企業自主、自由、平等基礎上，通過談判契約等正式途徑以及各種可能的非正式途徑，形成某種創新聯合體，共同投入資源共同參與研發，共享技術成果。這種創新機制的效應和功能實現程度，主要取決于參與創新各方企業的合作意愿與契約效率。
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