同時，訴訟作為一種特殊的爭議解決方式，存在著內生性的無法克服的矛盾。例如，法律規則（審判規范）與社會規范（傳統、道德、習慣和情理等）的矛盾；程序公正與實體公正的矛盾；法律真實與客觀真實的矛盾；公平與效益的矛盾；程序設計中高度專門化與當事人參與的常識化要求的矛盾；規則的確定性和程序僵化與解決特殊個案所需的靈活性的矛盾；作為判決之特征的“要么全有要么全無( all or nothing)”、“非黑即白”的解決結果與當事人期望之間的矛盾；事件涉及的簡單權利義務關系與爭議背后的復雜社會關系之間的矛盾等。這些矛盾的存在，在很大程度上限制了訴訟作為爭議解決手段的功能和效果。②例如，訴訟解決知識產權爭議并不總能實現實質的公正性，并且無法滿足當事人解決爭議的愿望。因為在爭議中，法律與道德、權利與道義情理、理智與情感有時并不完全一致，根據法律規范衡量有時難以作出合情合理的解決，司法活動脫離當事人及社會道德、價值觀念的運作，導致訴訟解決爭議不一定能夠實現最優的社會經濟效果。以訴訟解決知識產權沖突爭議為例，由于知識產權本身是無形權利，權利界線沒有外在的彰顯手段，容易發生權利沖突，通常表現在兩項或者兩項以上的知識產權均屬于同一客體，但是對這同一客體獲得的知識產權保護屬于不同的主體。雖然我國立法對此已經開始進行規制，①但是還存在大量沒有毹決的權利沖突，例如著作權與名譽權、肖像權等人格權的沖突，商標與域名的沖突，企業名稱權與域名的沖突等。在司法實踐中，這類爭議類型通常被納入侵權行為領域，法官用傳統的侵權構成要件模式來將當事人之間的關系簡單化、孤立化，對當事人雙方權利義務關系進行是非判定，采用非黑即白的認定模式，得出全有或者全無的結論，難以實現爭議解決的最佳效果。
