1.排斥注冊程序協調規則 TRIPS協定納入了巴黎公約的商標注冊標準，同時又增加了許多新的標準，從而大大推進了商標注冊國際協調運動。但該協定主要針對各國商標注冊的實體規則，只包含少量的注冊保障程序要求，并未廣泛涵蓋注冊程序規則。如本章第一節所述，WIPO管轄下的程序性規則經歷了長期的發展已趨于成熟完備，得到越來越廣泛的接受，但TRIPS協定并未積極吸收這些程序規則。在這個意義上，TRIPS協定并不是一個全面的跨國商標注冊國際協調制度，具有一定的局限性。 2.成員間利益的不平衡性 TRIPS協定下商標注冊規則雖然體現了相關利益人之間的平衡保護，但是就從國際關系的角度看，并未能很好的實現所有成員，特別是發達國家與發展中國家成員的利益平衡。原因主要有兩個:一是TRIPS協定下商標注冊制度產生的主要推動者為發達國家及其所擁有的跨國公司，他們出于貿易市場競爭利益的維護，極力推動商標協調從外部程序制度向其他國家內部實體規則的拓展，由此所達成的商標統一注冊標準最直接的受益者仍是發達國家與其跨國公司，發展中國家獲益相對有限。（關于發達國家特別是發達國家跨國公司對于TRIPS協定形成影響的分析，可參見Duncan Mat-thews. Globalizing Intellectual Property Rights The TRIPS Agreement［M］. Routledge Press，2002.）二是TRIPS協定商標領域的談判以發達國家之間的談判為基本格局，并主要是在發達國家所提供的建議文本基礎上進行的，發展中國家的談判聲音與力量相對弱小，因此最終確立的商標注冊制度從根本上更體現了發達國家意愿（在TRIPS協定商標條款談判過程中發達國家與發展中國家存在較為明顯的的分歧。相比于發達國家所提出的統一的高水平保護標準，發展中國家主張商標注冊標準與所授予的權利應當由成員國內法決定。他們擔心外國商標在本國市場中的使用會影響本國市場的社會經濟。例如印度，認為外國商標宣傳鼓勵了無意義的奢侈消費，有損其社會價值，并且擾亂了資源的分配，還導致外匯大量流出。因此印度主張外國商標在其國內市場上使用應當符合其國內的發展目標，并建議應確保外國商標發揮其質量保證功能。其他許多發展中國家也表達了類似的看法，他們的觀點更集中于商標權利的實施方面，反對在商標領域采取高標準的保護。但是發展中國家的提案后來在1990年主席草案中被歐共體與美國的提案所取代，因此，發展中國家的主張并未對TRIPS協定商標條款方面產生非常重要的影響。Nuno Pires de Carvalho. The Trips Regime of Trademark and Design［M］. Kluwer Law International，2006:210.），是其推動全球知識產權發展政策的重大勝利。
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