盡管如此，TRIPS協定下的商標注冊制度與馬德里體系下的商標國際注冊制度也存在一定的銜接配合關系。一方面，TRIPS協定允許在同為馬德里條約體系成員的WTO成員之間適用馬德里條約體系所產生的條約義務關系，通過使用商標國際注冊制度有利于在相關成員國的商標跨國注冊。另一方面，TRIPS協定以協調成員國商標注冊的實體標準為主要內容，不僅不影響商標國際注冊制度的實施運作，而且各國商標注冊實體標準的趨同也有利于提高商標國際注冊制度的實際成效。 TRIPS協定下商標注冊制度還可以借助WTO與WIPO相互之間的支持關系，利用WIPO體制的某些優勢，促進自身商標注冊協調制度的發展。例如，依據TRIPS協定第六十八條，TRIPS理事會在履行其職能時，可向包括WIPO在內的任何適當的組織進行咨詢和尋求信息。（TRIPS協定第六十八條“與貿易有關的知識產權理事會”規定:TRIPS理事會應監督本協定的運用，特別是各成員遵守本協定項下義務的情況，并為各成員提供機會就與貿易有關的知識產權事項進行磋商。理事會應履行各成員所指定的其他職責，特別是在爭端解決程序方面提供各成員要求的任何幫助。在履行其職能時，TRIPS理事會可向其認為適當的任何來源進行咨詢和尋求信息。經與WIPO磋商，理事會應尋求在其第一次會議后1年內達成與該組織各機構進行合作的適當安排。此外在綜合撥款法案中，專家組曾于2001年2月1日致信WIPO負責管理巴黎公約的國際局，請求獲得此次爭端涉及巴黎公約條款的相關歷史談判及此后發展的信息。WIPO于2001年3月2日電復信中提供了相關信息。相關信息參見:United States–Section 211 Omnibus Appropriations Act of 1998，Report of the Panel，WT/DS176 /R，para6. 1 － 6. 3。）這一優勢在解決綜合撥款法案中也得以體現。
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