其實這三種編程技術各有優勢，我們大概可以從語言、平臺這二點來區分：

一、語言：

PHP：PHP產生與1994年，其語法混合了C、Java、Perl 和他自創的一些編程語法；PHP是嵌入在HTML中執行的；它也是一種解釋性語言。早期的PHP并非完全的面向對象編程語言，到了PHP4以后的版本才開始有了面向對象的概念。

JAVA：JAVA產生與1995年，JAVA語言和JAVA平臺統稱為JAVA；它語法與C語言和C++語言很接近，并且JAVA是面向對象編程語言，JAVA是編譯性語言，可以先將JAVA源碼編譯成.class文件后，在JAVA虛擬機上解釋執行。

.NET：在.NET中，多種編程語言支持開發如：VB、C#、F#等等，通常我們都在使用C#編程，C#是為.NET平臺專們打造的一種編程語言，產生與2000年。其語言語法和JAVA、C、C++相近，同樣也是一種面向對象編程語言。C#同樣需要編譯為.dll文件，然后由.net框架中CLR編譯執行。

語言區分：PHP、JAVA、C#這幾天語言最大的區別就是執行方式的不同。其中還有一些語言本身的區別，比如是否為強類型、是否能動態編譯、是否為多線程、是否為分布式、是否可移值等等。至于很多人說的性能上的問題，我認為語言本身上的性能問題差異并不大，關建在于寫程序的人如何編寫的代碼。另外，在關于與語言結和的數據庫方面也有一定的區別，PHP通常使用MySQL數據庫，JAVA通常使用MySQL或Oracle，而C#因為是微軟的產物，通常使用與微軟相關的數據庫Sql Server或Access等，有時候也會用Sqllite數據庫。

二、平臺：

PHP：一般人在稱呼PHP的時候，本身并沒有平臺和語言的區別。我們用PHP往往只做WEB應用開發，至于桌面應用程序的開發，近年好像PHP出了這種開發平臺，但現實應用中幾乎看不到。但是不得不說，PHP在WEB的表現層應用中，有很好的表現，不論從處理界面布局，或是性能上都有著不錯的優勢。

JAVA：我們在稱呼JAVA的時候，往往說的并不一定是語言本身，而是指JAVA平臺。在JAVA平臺中，可以使用JAVA語言去開發各種不同的應用開發，比如說：Java SE、Java EE和Java ME，分別用于開發JAVA桌面應用、WEB應用、移動應用等等。

.NET：在.NET這個體系中，語言和平臺是有明顯區別的，而且一個平臺上可以應用多種語言開發，這樣就滿足了掌握不同語言的程序員可以開發同一個應用程序。在.NET平臺中，也像JAVA一樣，可以開發不同的應用，比如：WinForm（桌面應用）、控制臺應用、ASP.NET（WEB應用）、WPF（新的桌面應用）、WCF（網絡通信基礎應用）、WEB服務（面向服務編程應用）、ASP.NET MVC3.0（新的WEB應用）、XNA（桌面及手機游戲應用）等等。

平臺區分：三種技術平臺都可以做我們常用的WEB應用。對于桌面應用來說，PHP并不太適用，JAVA則沒有較好的桌面應用的開發工具，這方面.NET平臺有較好的優勢，不論是Winform還是WPF，都非常適合做桌面應用程序。至于實現一些底層的復雜業務，PHP則不如JAVA和.NET，但是在做前端表現層的時候有著較好的優勢。所以很多復雜的大型綜合應用，可能會有.NET或者JAVA做數據訪問層及業務邏輯層，PHP則用來做表現層。據所說淘寶就是基于這種方式開發的。同時，JAVA與.NET都是可以跨平臺的，.NET還能跨語言。

總結：請注意，不論任何編程語言或技術平臺，并沒有好與不好之分，只有適合與否。在開發不同的項目時需要使用不同的技術。當然做為程序員初學者來說，需要從一種比較容易上手的編程語言及平臺學起，培養自己的學習能力、興趣；基礎打扎實，才能在以后日新月異的技術更新中不斷成長。