申請材料不同

個人需要提供個體執照和身份證的復印件，而公司只需要提供公司營業執照，并在蓋公章某些地方蓋公章就可以了。

商標權的歸屬不同

個人注冊商標權歸屬于提供身份證的自然人；公司注冊，商標權歸屬公司所有，并不屬于某一個股東，而屬于所有股東。

后期使用

很多公司會更換營業地址和公司名稱，這個時候就需要將商標檔案做一下變更，因為商標局留的是之前的申請檔案，不及時變更在續展、處理商標其他事務的時候會有麻煩，例如同一個企業申請相同或者近似的商標，就會失敗。個人申請的商標，只要身份證不變就沒有這樣的麻煩。