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隨著戰略聯盟成員內外部環境的變化，合作各方知識產權的不斷調整，利益格局的相應變化，聯盟過程中可能出現道德風險和機會主義行為，從而給企業帶來知識產權風險。為化解和減少聯盟知識產權風險，種子企業應加強聯盟內部的知識產權保護，對聯盟伙伴的行為加以約束，以充分發揮聯盟的功效。
種子企業戰略聯盟內部所涉及的知識產權主要包括背景知識產權與前景知識產權兩類。背景知識產權是指戰略聯盟成員在聯盟成立前所擁有的，為了實施聯盟育種創新項目和利用項目技術成果所必需的知識產權。前景知識產權是指聯盟成立后創造出新的知識產權。因此，種子企業戰略聯盟內部的知識產權管理活動主要是對背景知識產權的保護與共享和前景知識產權的權利歸屬以及收益進行分配。
目前，我國與此相關的法律法規主要體現在《中華人民共和國合同法》（以下簡稱《合同法》）第十八章技術合同、《中華人民共和國專利法》（以下簡稱《專利法》）、《中華人民共和國植物新品種保護條例》（以下簡稱《植物新品種保護條例》）及其相關的司法解釋和實施細則中。從總體上看，我國現行法律法規呈現出以下兩大特點：
一是重視當事人的意思自治，賦予協議優先于法律適用的效力。在合作完成的知識產權方面，依據《合同法》第三百四十條、第三百二十五條以及《專利法》第八條的規定，合作開發完成的發明創造、技術秘密成果的權利歸屬以及合作完成的知識產品的利益分配方式可以由當事人約定，并享有優先于法律適用的效力。《植物新品種保護條例》第七條規定，合作育種，品種權的歸屬由當事人在合同中約定；沒有合同約定的，品種權屬于共同完成育種的單位或個人。
二是利益平衡機制，體現對開發者勞動的尊重和對創新的激勵。《合同法》第三百四十條、《植物新品種保護條例》第七條以及《專利法》中規定，合作開發完成的發明創造，除當事人另有約定的以外，申請權和取得的專利權或品種權歸合作開發的當事人共有。此外，《專利法》、《植物新品種保護條例》和《合同法》均對完成職務技術成果的個人給予獎勵或者報酬作出規定。
綜上所述，我國現行法律法規對聯盟知識產權只作出原則性的規定，因此，企業在聯盟合作過程中，還應對背景知識產權和前景知識產權的歸屬、獲取、許可、轉讓、保護和傳播作出具體規定。

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戰略聯盟中的知識產權保護